南平市人民检察院设置内设机构15个，分别为办公室、第一检察部、第二检察部、第三检察部、第四检察部、第五检察部、第六检察部、法律政策研究室、案件管理部、检务督察部（巡察工作领导小组办公室）、检察技术信息部、行政装备处、干部处、宣传处、教育和基层工作指导处。另外设置其他机构2个，为机关党委、司法警察支队。各部门职能设置如下：

1.办公室。负责机关文电、会务、机要、档案、保密、督查、信息等工作。组织协调院重要工作部署、重大决策的贯彻实施。起草审核相关文件文稿。负责人大代表、政协委员联络工作和特约检察员联系工作。

2.第一检察部。负责对法律规定由本院办理的除第二检察部承办案件以外的普通刑事案件的审查逮捕、审查起诉、出席法庭、抗诉，开展相关刑事诉讼监督以及相关案件的补充侦查。办理本院管辖的相关刑事申诉案件。

3.第二检察部。负责对法律规定由本院办理的南平市监察委员会移送职务犯罪案件、破坏社会主义市场经济秩序犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出席法庭、抗诉，开展相关刑事诉讼监督以及相关案件的补充侦查。办理本院管辖的相关刑事申诉案件。下设未成年人检察专门办案组，负责对法律规定由本院院办理的未成年人犯罪和侵害未成年人犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出席法庭、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查。开展未成年人司法保护和预防未成年人犯罪工作。办理本院管辖的相关刑事申诉案件。

4.第三检察部。负责对监狱、看守所和社区矫正机构等执法活动的监督，对刑事判决、裁定执行、强制医疗执行、指定居所监视居住执行、羁押和办案期限的监督，开展重大案件侦查终结前讯问合法性核查，羁押必要性审查。办理罪犯又犯罪案件。负责对法律规定由本院办理的司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正犯罪，以及按照刑事诉讼法规定需要由人民检察院直接受理的其他重大犯罪案件的侦查。

5.第四检察部。负责办理向本院申请监督和提请抗诉的民事和行政案件的审查、抗诉或发出再审检察建议。承办对市中级人民法院民事和行政诉讼活动的法律监督，对审判监督程序以外的其他民事审判、行政审判程序中审判人员的违法行为提出检察建议，对民事执行和行政执行活动实行法律监督。开展民事支持起诉工作。办理本院管辖的民事申诉和行政申诉案件。

6.第五检察部。负责对法律规定由本院办理的破坏生态资源犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出席法庭、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督以及相关案件的补充侦查。办理法律规定由市级人民检察院办理的破坏生态环境和资源保护、食品药品安全领域侵害众多消费者合法权益等损害社会公共利益的民事公益诉讼案件，生态环境和资源保护、食品药品安全、国有财产保护、国有土地使用权出让等领域的行政公益诉讼案件，侵害英雄烈士姓名、肖像、名誉、荣誉的公益诉讼案件。对由市级人民检察院管辖的公益诉讼案件派员出席法庭，依照有关规定提出检察建议。办理本院管辖的相关申诉案件。

7.第六检察部。负责受理向本院的控告和申诉。承办本院管辖的国家赔偿案件和国家司法救助案件。负责12309检察服务平台具体工作。

8.法律政策研究室。负责研究国家公布的与检察工作有关的法律、法规、政策的执行情况，提出意见和建议。指导并组织开展全市检察理论研究和专题调研工作，对检察工作适用法律问题提出司法解释建议。负责司法体制改革综合协调相关工作。承担本院检察委员会、专家咨询委员会日常工作。负责本院提出的规范性文件、检察建议书、纠正违法通知书的审核把关。编辑检察工作理论内刊、应用法律、法规文件、检察工作年鉴。统筹检察普法工作。收集管理图书资料。负责本院管辖的涉台港澳和外国案件的审查逮捕、审查起诉、出庭公诉、法律监督等检察业务。审查指导下级检察机关“四涉”案件和相关事务。

9.案件管理部。负责案件的统一受理流转、办案流程监控、涉案财物监管、法律文书监管、案件信息公开。统一组织办案质量评查、业务考评和业务统计分析研判。组织指导人民监督员工作。负责业务信息化需求统筹，指导全市检察机关统一业务应用系统的应用。

10.检务督察部（巡察工作领导小组办公室）。承担对全市各级检察机关执行法律、法规和上级检察院、本院的规定、决定情况进行督察。承担内部审计工作。负责研究拟订本市检务督察工作有关规定。承担本院党组巡察工作领导小组办公室日常工作。

11.检察技术信息部。协助上级人民检察院做好本市检察司法鉴定管理的相关工作。统筹全市检察技术力量对检察机关办理案件中涉及的专门性问题进行现场勘验、技术协助、检验鉴定和技术性证据审查等工作。负责本院技术装备管理。负责本院网络安全和信息化建设工作，统筹和指导全市检察机关网络安全和信息化建设工作。负责全市检察技术人员及信息化专业人员的管理培训。

12.行政装备处。负责机关及派出机构、下属单位的财务管理和装备规划、编制年度部门预决算、固定资产管理和政府采购、基础设施建设等工作，以及机关后勤服务保障和日常管理。监督指导基层检察机关的财务管理、固定资产管理、基础设施建设立项和项目执行等。

13.干部处。根据干部管理权限，协助院党组依法管理全市检察机关检察官及其他检察人员。配合省人民检察院协助省级主管部门管理全市检察机关机构设置及人员编制，制定相关人员管理办法。配合省人民检察院协助省级主管部门管理和考核全市基层人民检察院检察长，协同市级党委管理和考核全市基层人民检察院检察长以外的其他领导人员。负责本院机构设置、人员编制、考试录用和干部任免、调配、检察官等级评定、年度考核、工资福利及干部人事档案等管理工作。按警衔管理权限做好相关警衔的审核和呈报工作。负责本院机关离退休干部工作。负责组织检察对口援助工作。

14.宣传处。负责对外新闻宣传工作以及对全市两级人民检察院对外新闻宣传和舆论引导工作的指导、协调、管理。负责检察新媒体的运行、管理及指导。负责全市两级人民检察院涉检网络舆情的监测、引导和管控。负责全市两级人民检察院网评员队伍建设和管理。承担重要信息发布等检务公开职能。

15.教育和基层指导处。指导全市检察机关政治建设、思想建设、意识形态和检察文化工作。组织协调、指导推进全市基层检察院建设。组织开展全市检察机关表彰奖励工作。制定全市检察干部教育培训规划和年度工作实施计划，组织和管理全市检察干部的网络培训、以岗位技能训练为主的在职培训和学历教育。规划和组织检察机关的培训基地及师资队伍建设工作。

政治部。根据工作需要，由政治部管理干部处、宣传处、教育和基层指导处。

机关党委。负责院机关及直属单位党群工作。

司法警察支队。作为本院直属机构，管理本院并指导下级人民检察院司法警察工作。组织落实司法警察工作的条例、规定及其他相关文件；协调跨地区的重大警务活动；协助管理警司以下司法警察的警衔；组织司法警察的教育培训和警务训练；管理司法警察警用装备；负责办案安全保障、警戒保卫等相关工作。